Der Ertrag von GVO-Pflanzen liegt meist unter dem von herkömmlichen Pflanzen. Eine Auswertung von Daten des US-Landwirtschaftsministeriums zeigte bereits 2001, dass die Ernterträge von genverändertem Soja um 6-10 Prozent niedriger waren.
Bei transgenen Zuckerrüben und genmanipuliertem Raps stellte das britische National Institute of Agricultural Botany (NIAB) 1998 einen Minderertrag von 5 bis 8 Prozent fest.
Mais kann im Durchschnitt das Ertragsniveau konventioneller Pflanzen halten.
Für die Ertragseinbußen gibt es mehrere Gründe. Zum einen wird der Stoffwechsel der manipulierten Pflanze durch die Ausbildung der eingebauten transgenen Eigenschaft belastet. Zum anderen ändert sich der Stoffwechsel veränderter Pflanzen oft so stark, dass ihre natürliche Krankheitsabwehr geschwächt wird und sie anfällig gegen andere Schädlinge oder Krankheiten werden. Dies wurde u.a. bei genmanipulierten Pappeln und Papaya beobachtet. Bei gentechnisch veränderter Soja scheint durch die gentechnischen Veränderung eine Reduzierung der natürlichen Stickstoff-Fixierung einzutreten.